お客様の業務を理解して、システム全体をデザインして導入し、保守していく能力です。システムに関すること全部じゃないかとおっしゃるかもしれませんがその通りです。
ここでは、技術を分割している関係上、お客様の要件を理解してシステムの実装に落とすことに着目します。要件定義能力といってもいいかもしれません。

お客様とお話ができるというのは重要なことです。「どういうこと？」と思うかもしれませんが、業務をシステム化する以上、業務を知らなければできません。たとえば医療業界では医学の専門用語が飛び交い、業界の常識が当たり前のように理解されていなければ使えない物が出来上がることになります。場合によっては、生物学の常識を知らないと、たとえばデータベースのキーに患者の名前、生年月日、血液型等を入れてしまうかもしれません。病院では血液型は変わる可能性がありますからそのような場合でもキーにはできないのです。(白血病などで骨髄移植をすると血液型が変わる可能性がありますし、病気の種類によっては検査上違う血液型と判定されることもあります。)
流通業界ではリテイルの常識を知らないとシステムの拡張性に関する作りを間違えるかもしれません。部門が増えたり商品カテゴリーも商品特性ではなくメーカーによって違う扱いにしてあったり、同じメーカでも複数の部門にまたがることもあります。（塩コショウ、焼き肉のたれは、一般食品(グロッサリー)扱いのものと精肉部門扱いのもの(生たれで冷蔵が必要なもの、ハムメーカの塩コショウ等)があります。）これらは会社の方針によりますが、このことを知って柔軟に拡張できるシステムにしていないと、新たな取扱商品が処理できないことになりかねません。同一商品他部門扱い価格違いチェック等の問題も発生します。
研究系などでは研究論文を読まないと駄目である場合があったりします。この場合は大学等でその分野の研究に携わっていないと理解できないことも多いです。実務では論文の内容をシステムで実装してくれという乱暴な依頼も経験しています。
官公庁のシステムでは法律を執行するためのシステムですから、当該法律(たとえば社会保障関連の法律群)を理解していないと、システムが作れなかったり、仕様書に法律と行政解釈(電話帳の２倍くらい厚い)がついてきたりします。

これらの業務知識は一朝一夕では身につきませんが、身についてしまえばそれは資産というべきノウハウになります。こういうノウハウがあるためにISerはこのような各分野における業務知識を独占しようとします。
極端な業務知識でなかったとしても、その業界の人と話ができるということは重要です。これ自身SIに携わる人にとっては技術・能力となることを理解する必要があります。

開発技術のほかOSに対する技術、システム構成、HW構成に関するものも身に着けてください。これらはシステム基盤技術と呼ばれます。基盤技術には基盤技術の専門家がいますから業務系アプリケーションプログラマはあまり深くやる必要はありませんが、自分やチームが作ったプログラムがどのように基盤リソースを使っていくかは理解してください。制御系、基盤ミドル開発者はSWのHWに対する影響を深く理解してください。
システムは必ずサイジングをしますが、ここでどの程度リソースを使うかどの程度のリソース、性能が必要か答えられるとものすごくその人は重宝します。チームを任せたくなります。
システム構成が組めると超上流つまり開発の上流工程の設計よりさらに上流の提案工程に参加する能力があることになります。民需は要件定義を経てからシステム構成を組みますが、入札案件である官公庁は要件定義前の提案段階でシステム構成まで組み切って入札金額を決めて参加することがあります。ここでいかに精緻なリソース見積もりができるかで入札金額を抑え、落札することができるかが決まります。
基盤の専門家は業務アプリケーションのことはわかりませんから、業務アプリケーションSEが個別の必要リソースを算出することになります。

何をやらかしたらどのリソースが枯渇するかという経験も重要ですね。性能問題を解決できることは後々まで残るSEには重要なことです。

運用に関してみると、派手な分野ではないように見えます。しかし、システムを使う上では重要な位置を占めていてこれ自体技術といえます。

(イ) 業務運用

業務そのものをしたり業務をサポートする運用業務を指します。業務そのものをする例では、人事システムであれば、人事異動時の大量のデータの入力検証、社員証の発行連絡等となります。業務をサポートする運用の例としては、ヘルプデスクによる業務システムのトラブルに対応したり、業務システムの使い方を講習する研修を行ったりとなります。

システムの開発を請け負った場合はあまりここまではないのですがSIを請け負った場合は業務そのものまで踏み込んで実施することが多いです。

(ロ) システム運用

この場合のシステム引用はシステムの稼働を監視して常に稼働状態を保つことを意味します。

(ハ) LCM

数年前から言われだした新しい考え方でライフサイクルマネージメントというものがあります。システムのライフサイクルをすべて管理して運用するという考え方です。設計から運用まで請け負うSIと何が違うのかというと、現在のシステムの使われ方や問題点を現行の運用の中で吸い上げて分析し、システム改善や次期システムのシステム化方針に持っていき、時期につなげるというサイクルを回し続ける考え方です。

民間の企業ではこれらの考えに基づいてシステムを一手に引き受けるというのは企業の戦略から有効であろうと思います。

官公庁では問題があって、自社内にLCM部隊があって回していくならともかく、SIとして外に出している場合、この考え方だと次期システムの仕様を現行業者が決めることになります。公平性の観点から仕様を決めた業者(コンサル業者)は入札に参加できませんから毎回業者が変わることになるか、そのようなことになるような調達は業者として避ける傾向にあります。なぜなら、費用をかけて身につけたノウハウが無駄になるからです。多くの場合業者は血を流しながら初回はノウハウを身に着けるのです。